为了大力贯彻《国务院关于加快气象事业发展的若干意见》（国发[2006]3号），加快建立与新世纪新阶段气象事业发展相适应的业务技术体制，2006年起，全国气象部门开始实施业务技术体制改革。
总体目标是通过深化改革，力争在3到5年内，建立基本满足国家需求、功能先进、结构优化的多轨道、集约化、研究型、开放式业务技术体制，增强气象业务和服务能力，提升气象科技水平。
——适应经济社会发展需求，着力提高业务服务能力，拓展业务领域，近期重点发展天气、气候、气候变化、生态与农业气象、大气成分、人工影响天气、空间天气、雷电等多轨道业务体系。
——建立资源高度共享、相互支撑、协调发展的综合观测、预报预测、公共服务、信息与技术保障、科技创新和教育培训等体系，优化业务布局与分工，调整业务组织结构，实现集约化发展。
——大力提高自主创新能力，形成科技创新促进业务发展的研究型业务，实现科研和业务的有机结合，提高队伍科技素质，提升气象科技水平。
——形成开放式业务体系，加强部门内外和国内外的合作与交流，主动融入经济社会发展，实现全社会气象事业的协调发展。
改革的主要任务是建设和发展多轨道业务。
农业气象业务轨道包括监测、情报预报、服务及灾害评估与防御对策，农业气候资源开发利用，适用技术开发推广等。改革重点是：调整农业气象观测站网，改革观测方法；健全重大农业气象灾害和农林病虫害的监测、预警、评价系统；建立食物安全气象保障系统，开展粮食产量预报；进一步发展“农网”等社会化服务手段。生态领域中的气象业务包括生态系统的气象监测、预测、评估和服务等。改革重点是：逐步建立以卫星遥感为主、地面监测为辅的典型生态系统监测体系；建立和完善国家、省级典型生态系统的气象预测和评估业务系统。生态与农业气象业务实行国家、省、地、县四级布局。
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